Bachelor-/Masterarbeit Untersuchung genetischer Merkmale mikrobieller Gemeinscha

Ihr Aufgabengebiet:

Die derzeit am häufigsten genutzte Sequenziermethode zur Charakterisierung von mikrobiellen Gemeinschaften hinsichtlich Zusammensetzung und Funktion ist deutlich begrenzt in der Leselänge von DNA/RNA-Fragmenten. Daraus ergeben sich erhebliche Einschränkungen bei der Datenauswertung. Im Gegensatz dazu haben neue

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Sequenziermethoden eine technisch unbegrenzte Leselänge, was vollkommen neue Möglichkeiten der Datenauswertung bietet.
Innerhalb unserer Arbeitsgruppe wurden zahlreiche Metagenome von mikrobiellen Gemeinschaften aus Biogasreaktoren und Genome mittels dieser neuen Technik (MinIon) sequenziert. Diese Daten wurden bisher nur zur Genomrekonstruktion genutzt. Die langen Sequenzen bieten aber außerdem die Möglichkeit besonders einfach auf Viren, Prophagen, Plasmide, Basenmodifikationen und andere genetische Merkmale der mikrobiellen Gemeinschaften zu schauen. In der vorgeschlagenen Abschlussarbeit sollen diese Merkmale genauer untersucht werden und somit ein tieferes Verständnis für die Funktionsweise dieser Gemeinschaften erhalten werden.

• Bioinformatische Auswertung vorliegender Metagenom- und Genomsequenzierungsdaten
• Auswahl, Installation, Test und Anwendung von bioinformatischen Analysetools auf Cloud-Computersystemen
• Vergleich und Interpretation der Ergebnisse verschiedener Tools
• Design und Implementierung eines optimierten Standard-Workflows

Ihre Stärken:

• einschlägiges Studium der Bioinformatik, Biochemie oder verwandter Fachgebiete
• sichere Nutzung der Kommandozeile unter Linux
• Grundkenntnisse in einer gängigen Programmier- oder Skriptsprache (z.B. Java, C, Python, Bash) wünschenswert
• Verständnis für mikrobielle Gemeinschaften sind von Vorteil
• Teamfähigkeit und hohe Motivation für eine interdisziplinäre Zusammenarbeit
• Enthusiasmus & Selbstständige Arbeitsweise

Unsere Stärken:

• Eine enge und gute Betreuung
• Spannende Einblicke in die Arbeit eines führenden Forschungsinstituts
• Eine hervorragende technische Ausstattung, die ihresgleichen sucht

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